Bereits im Jahre 2005 begannen Chemnitz, Dresden, Halle, Leipzig und Zwickau im Rahmen der so genannten „variablen Geometrie“ mit weiteren Städten in Thüringen und Sachsen-Anhalt zusammen zu arbeiten. Das bedeutet, dass z.B. auch Städte, die nicht zu den so genannten Kernmitgliedern zählen, in den Arbeitsgruppen der Metropolregion Mitteldeutschland mitwirken und sich bei Interesse an einem oder mehreren Projekten beteiligen können.
Ab dem Jahr 2006 nahm Jena stellvertretend für die Thüringer Partner als Beobachterin an den Ausschusssitzungen der Metropolregion teil. Dieser Status wurde im Juli 2007 insofern erweitert, als dass die Thüringer Partner ImPuls-Region Erfurt-Weimar-Jena und die Stadt Gera seitdem die Entscheidungen der Metropolregion Sachsendreieck mit einem gemeinsamen Stimmrecht beeinflussen konnten. Darüber hinaus nahm die Stadt Magdeburg ab Herbst 2007 als Beobachterin an den Beratungen des Gemeinsamen Ausschusses der Oberbürgermeister und des Lenkungsausschusses teil und vertrat dabei zusätzlich die Interessen der Stadt Dessau-Rosslau. Diese mehrjährige überregionale Kooperation mündete für die Städte Jena und Magdeburg Ende Mai 2009 schließlich in einer Vollmitgliedschaft.
Beispielhaft für die Kooperation ist die Herausgabe des REGJO-Journals zum Thema "Wirtschaft und Wissenschaft" im Jahr 2006. Dabei beteiligten sich in Zusammenarbeit mit der Wirtschaftsinitiative für Mitteldeutschland erstmalig die Städte Jena, Magdeburg und Erfurt mit eigenen Beiträgen an dem Sonderheft.
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